La Gélise prend naissance à Lupiac dans le département du Gers et est une des plus courtes rivières issues du plateau de Lannemezan. Elle coule à l’Est d’Eauze et au bas de la chaîne des coteaux qui sépare le bassin de la Garonne et celui de l’Adour.
Elle se joint à la Baïse en aval de la ville de Lavardac dans le Lot-et-Garonne.
La Gélise draine un bassin versant dont la superficie est de 1410 km² environ pour une longueur totale de 74 km, dont 43 km en Lot-et-Garonne.
Le site de la Gélise a été retenu pour être classé Natura 2000 car il présente plusieurs enjeux majeurs tels que la présence d’habitats favorables à la conservation du Vison d’Europe, de la Loutre, de la Cistude d'Europe... D’une superficie de 3815 ha, le site s’étend sur 28 communes des départements du Lot-et-Garonne, des Landes et du Gers.